故事讲述两派来到地球后，因为发生了一些“事件”，导致双方外形大变（也解释了两系列风格不同的原因）。也由于这些“事件”，变形金刚要隐藏于人类社会之中。如何去平衡一切关系是擎天柱作为领袖将要面临的考验，本作品的标题也由此而来。 值得一提的是，本次两派领袖 擎天柱 和 威震天 的配音者是久违的梦幻组合：来自初代动画的 Peter Cullen 和 Frank meijubar.net Welker！他们在阔别电视版的变形金刚作品多年后，再次一起回来共演这双经典的死对头！
梅莉达（楠木灯 配音）出生于大名鼎鼎的豪门“圣骑士”家族，每一位拥有圣骑士血统的亲眷们都能够使用非常强大的能力。可是，这样的能力在梅莉达的身上却全无踪迹，梅莉达因为被怀疑血统并不纯正而遭到了流放，可即便如此，勤劳坚韧的梅莉达还是对每日的修行毫不松懈，坚信自己总有一天能够爆发出令旁人震惊的力量。 库法（小野友树 配音）被排遣到梅莉达的身边成为了她的家庭教师，实际上，库法的真实身份是隶属于白夜骑兵团的杀手。上级命令库法接近梅莉达，一旦确认她确实无法使用能力后，即将她暗杀。然而，梅莉达的乐观和坚持渐渐打动了库法。
这里是和风咖啡厅“鹿枫堂”。 店主、负责茶水的水，负责拿铁的格雷，负责料理的世贵，负责甜点的椿。 各自身怀绝技的4人经营的隐藏人气店。 他们在“款待”客人的同时，偶尔还会解决客人的“烦恼”。 以咖啡厅为舞台，完美的4人编织而成的真诚故事。 好了，今天的客人是……？
“百武装展开！！” “HUNDRED”──那是能对抗袭击地球的神祕生物“蛮族”（Savage）的唯一武器。 主角如月隼人为了成为能够驾驭HUNDRED的武艺者（Slayer），进入海上学园都市舰“Little Garden”就读。然而── “我好想你喔，隼人!!” “你、你到底是……？” 对於似乎很了解自己的室友艾米尔‧克劳福德，隼人产生了某种怀念的异样感受。不仅如此，才一入学，学园最强的武艺者“女王”克蕾亚‧哈维便向他提出决斗要求……!? 箕崎准(ocelot)×大熊猫介（Nitro ）联手推出！“究极”学园风动作小说，就此开幕！
故事以近未来的地球为舞台，讲述善良小男孩剑斗和恶魔宝宝安娜的故事，一人一魔携手踏上大冒险，希望能拯救剑斗的母亲。
距圣诞节仅有8天时间，SOS团在凉宫春日的号召下，不出意料地策划了一场圣诞狂欢派对。但就在12月18日这天早晨，阿虚却发现周围的世界有了些许变化。1年9班消失不见，朝比奈学姐视其形同路人，甚至早已死去的朝仓也代替凉宫春日坐在了阿虚的后面，而春日则如同人间蒸发一般无人知晓。当他冲向SOS团的教室时，只看到了孤零零坐在角落里看书的长门有希，一向淡定自若、冷如冰霜的长门大神也变成了怯懦害羞的乖乖女。从前一日长门留下的蛛丝马迹中，阿虚判断出这个世界似乎被某人重组了一番。 此时的阿虚，握有连接两个绝然不同世界的钥匙，他面临着重大的选择……
青井和哉（市来光弘 配音）是一个善良平凡的少年，姐姐青井和叶（能登麻美子 配音）的死却永远的改变了他将来的道路。袭击和叶的，是一种名叫“NOVA”的异次元体，为了替姐姐报仇，和哉进入了培养与异次元体战斗的战士的专门学校——杰尼提克斯学院。 在学院中，学员们被分为潘多拉与制御者两种类别，就这样，和哉结识了一群外表柔弱实力却异常强大的女孩子们。其中，被称为最强潘多拉的莎缇莱萨（能登麻美子 配音）最让和哉感到在意，在机缘巧合之下，和哉竟然和她结成了搭档。此外，还有外刚内柔的傲娇娘嘉涅沙（喜多村英梨 配音），神秘的西藏转学生拉娜林沁（花泽香菜 配音）等人。在战斗和学习的过程中，和哉下定决心，一定要揭开姐姐死亡的谜团。
在本作舞台的2030年代世界中，被称为“西欧财阀”的巨大组织利用财力、武力进行世界规模的彻底性资源管理，所以技术以及人类的进步正停滞不前。因此表面上技术从2000年代起就没有改变。 此作的世界观与TYPE-MOON多作共通的世界观基本设定一致，但却是从TYPE-MOON多作共通世界观的1970年代派生出来的平行世界，而并不单纯是月姬和Fate等作品的未来。 在这个世界中大源的魔力(Mana)已经枯竭了。因此TYPE-MOON多作共通的世界观中的“魔术(Magi)”和“魔术师(Magus)”几乎都衰落了，魔术协会也只余下本来就不太依赖魔力的“阿特拉斯院”。
当初为了避开巨人的进攻，人类修建了地下街道，不过这项企划很快废止，地下街最终成为贫民与无法之徒的栖息之所。利威尔（神谷浩史 配音）和法兰是一对好朋友，他们自行学会了立体机动装置，渴望有朝一日沐浴在阳光雨露之下。偶然的机会他们救助了被人追杀的女孩伊莎贝尔，伊莎贝尔则恳求二人教她使用立体机动装置。在此之后，他们被神秘政客召唤，要求执行一项绝密任务，以赢得地面居住权。行动中他们遭到调查团的追捕，埃尔文·史密斯（小野大辅 配音）欣赏利威尔等人的实力，于是将其招入调查团中。三个少年如愿走上地面，不过他们仍没忘记未完成的任务……
奥创回归将带来更大威胁，据悉泽莫男爵、邪恶大师、征服者康、异人族也会出现。美队、钢铁侠、奇异博士、惊奇女士等也在展开动画版内战！
宗介与九龙决战之后，宗介继续担任千鸟的贴身保镖，可是他的性格无疑又为校园的安全和世界的和平蒙上了层层阴影，作为学生会副主席的千鸟当然不能袖手旁观，在宗介作出一些危险的事情之后，一场痛打是免不了的……
