——虽然很突然，但世界已经灭亡了。 1000年前一度毁灭的地球，由名为“Y”的传说中的时钟技师以时钟装置再构筑而成的世界。 吊车尾高中生·见浦直人，与“Y”所留下的自动人偶琉珠，以及天才时钟技师少女·玛丽相遇了。 当他们的能力相互咬合时，命运的齿轮开始转动。 不断重复破裂与延命，将即将崩坏的地球（“时钟机关之星”）修复的时钟朋克·幻想剧！
虽然出生于豆腐世家，但是藤原拓海（宫野真守 配音）对继承父业没有半点兴趣，反而热衷与驾驶汽车在曲折蜿蜒的山路上风驰电掣。在过往的日子里，他与诸多业内好手劲敌过招，内心深处作为飙车一族的争强好胜之心也渐渐被激发出来。命运的趋势下，拓海即将与被人称为“赤城之白色彗星”的高桥凉介（小野大辅 配音）的决战。 为了适应秋名的路况，高桥将爱车FC3S的马力从340调到260，以取得性能上的平衡。宿命之战正式开锣，传奇对决拉开帷幕……
梅莉达（楠木灯 配音）出生于大名鼎鼎的豪门“圣骑士”家族，每一位拥有圣骑士血统的亲眷们都能够使用非常强大的能力。可是，这样的能力在梅莉达的身上却全无踪迹，梅莉达因为被怀疑血统并不纯正而遭到了流放，可即便如此，勤劳坚韧的梅莉达还是对每日的修行毫不松懈，坚信自己总有一天能够爆发出令旁人震惊的力量。 库法（小野友树 配音）被排遣到梅莉达的身边成为了她的家庭教师，实际上，库法的真实身份是隶属于白夜骑兵团的杀手。上级命令库法接近梅莉达，一旦确认她确实无法使用能力后，即将她暗杀。然而，梅莉达的乐观和坚持渐渐打动了库法。
有人能让时间暂停，但是在这个静止的空间里他就会变成孤身一人；有人能看到十分钟后发生的事情，却因无人相信自己的话只能眼睁睁地看着惨剧发生；有人能逆转十秒的时间，为了救出死去的妻子和孩子他逆转了无数个十秒，反复目击无数次妻儿死去的一刹那，他精神崩溃了；有人能在梦中预知不久之后的未来，然而却不敢跟周围任何人提起。 这里的每个人都有调控短暂时间的特殊能力，他们都有属于自己的伤痛。然而，当这些人聚集在一起时却是一个惊心动魄的故事！
在全宿舍制的切里顿学园里，羊驼提姆被什么人吃了。 在肉食兽和草食兽共存的世界中，这是最大的禁忌，也是无法超越的种族的墙壁。这是大灰狼雷格西（17岁）和各种各样的动物交织在一起，激烈的、悲伤的青春群像剧！
夏乃花火是一名十五岁的高中女生，为了上学，花火回到了童年时代曾经居住过的小镇，记忆中十分广袤的小镇在已经长大了的花火看来是这样的狭小和局促，怀揣着内心复杂的感情，花火来到了名为“立花馆”的宿舍，立花馆的破烂不堪让花火感到震惊，抱着“只住一个月就马上搬走”的念头，花火成为了立花馆里的一名住客。 花火曾经青梅竹马的玩伴藤原好美、外表冷酷让人无法接近内心却意外的单纯没有心机的篁伊织、个性大大咧咧总喜欢趁机对花火上下其手的性感大姐姐月城优，花火很快就和居住在立花馆里的这些住户们打成了一片。
相泽梓（悠木碧 配音）是一名大街上随处可见的社畜，将自己全部的时间都投入到了工作中，不断的遭受压榨的她，终于在二十七岁那一年因为过劳而猝死了，当她再度睁开眼时，发现自己转生来到了异世界中。转生女神因为可怜她的遭遇，而满足了她不老不死永远十七岁的愿望，就这样，相泽以十七岁的外表开始了在普拉达村的生活。 因为生前太过于劳累，所以转世之后，相泽只打算过一过每天种田做药杀史莱姆的悠闲生活，哪知道这一晃眼就是三百年过去，相泽因为杀了三百年的史莱姆，竟然在不知不觉之中成为了LV99的世界最强勇者。名声传开后，开始有人前来挑战，其中有一位名叫莱卡（本渡枫 配音）的龙族少女。
随同去年9月底《超时空要塞F》最终回放送结束之际，TV动画片尾便登布了剧场版制作的消息，广大死忠为之虎躯一震，翘首以待。在2009年1月发售的Macross系列作品的综合杂志《Macross Ace》Vol.001当中，些许剧场版情报流出，其中在河森正治总监督＆菅野洋子特别会谈中，两位业内人士对将在2009年上映的《超时空要塞MF》剧场版进行了将近3小时的对话，从中我们得知了剧场版将计划让库兰往爱情方面发展，补足TV中的遗憾，原本在TV中河森神棍的许多建议未被采纳的建议今回将在剧场版中表现出来，而剧中也许会对TV系列进行回顾，引用河森的说法便是为了能让初次接触MF的人对该作有个大概的了解，所以在角色的立场上会有所变动，而至于库兰是否顶替双歌姬的位置菅野洋子回答有机会的话会尝试。 在忙碌于剧场版制作将近半年的时间内，6月份发售的《Macross Ace》Vol.002终于闪亮登场，同时还带来了两则关于剧场版的消息。其一为剧场版《超时空要塞F》将于11月21日正式上映，加入了冬季剧场放映档期。其二为剧场版《超时空要塞F》标题正式定为“虚空歌姫”，而杂志图中绿坝娘兰华李惊现真实二字，腹黑状态的雪露女王只搭配了嘘字，难不成在剧场版中将要揭示绿坝娘才是阿尔特的最终翅膀么！？那么之前《Macross Ace》Vol.001中透露的库兰为主角又是怎么回事！？河森神棍你必须给我们一个交代啊！河森你有什么不开心的事？说出来让大家开心一下，请不要黑雪露好吗？
私立碧阳学园的学生会，可以说集结了这个学校最美丽最聪明的女生。身材娇小、天马行空的樱野栗梦（本多真梨子 配音）经常突发奇想，召开各种讨论会，可是在军师兼毒舌的抖S红叶知弦（齐藤佑圭 配音）、超级热爱漫画的阳光女孩椎名深夏（富樫美铃 配音）、阴柔温顺的椎名真冬（堀中优希 配音）等成员的掺合下，会议内容经常歪倒天涯海角去。学生会的唯一男性副会长杉崎键（近藤隆 配音），暗藏着建立伟大后宫的梦想纵横捭阖，各路出击。而通过他之手，学生会有趣好玩的一面也被真是地记录下来。 本片根据葵关南（作）、狗神煌（画）创作的轻小说改编。
莉丝妲黛（丰崎爱生 配音）是刚刚上任没多久的新手女神，可这样的她要面临的，是难度为S级别的拯救世界的任务。为此，莉丝妲黛召唤出了名为龙宫院圣哉（梅原裕一郎 配音）的勇者，让莉丝妲黛松了一口气的是，圣哉丛数值上来看属于那种超强的勇者，可很快，他就暴露了他唯一，但也是致命的弱点——过于慎重的个性。 必须同时准备至少三套装备以备不时之需；把自己关在房间里练肌肉练到满级也不愿意出来；即便对手是史莱姆也要使出全力攻击，渐渐地，莉丝妲黛开始怀疑，这个看上去很靠谱的男人，是不是头脑有点问题？
距圣诞节仅有8天时间，SOS团在凉宫春日的号召下，不出意料地策划了一场圣诞狂欢派对。但就在12月18日这天早晨，阿虚却发现周围的世界有了些许变化。1年9班消失不见，朝比奈学姐视其形同路人，甚至早已死去的朝仓也代替凉宫春日坐在了阿虚的后面，而春日则如同人间蒸发一般无人知晓。当他冲向SOS团的教室时，只看到了孤零零坐在角落里看书的长门有希，一向淡定自若、冷如冰霜的长门大神也变成了怯懦害羞的乖乖女。从前一日长门留下的蛛丝马迹中，阿虚判断出这个世界似乎被某人重组了一番。 此时的阿虚，握有连接两个绝然不同世界的钥匙，他面临着重大的选择……
