在人类将生活领域和自身欲望扩张到宇宙的时代，寻求自由的人们移民到宇宙中居住，他们的睿智孕育出发达的文明，不知不觉转变为对地球的一种威胁。 宇宙历0157年，分离的兄弟重逢于战场，在名为重力的命运指引下，降临大地母亲——地球。 由于坠入大气层时遭受重击，斯巴鲁的爱机·杜兰德尔壮烈牺牲。宇宙战舰【提拉米斯】的王牌驾驶员斯巴鲁的悲鸣响彻于残骸之上。 ――啜泣中的斯巴鲁，身体突然产生异变…！！总窝在驾驶舱内不出来的他竟然出现了驾驶舱戒断症状…
新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来， 人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。 具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员， 与研究所员齐心协力，面对强大的敌人！ 究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。 变身！SHINKALION！
主人公和怪物伙伴们展开的热血友情成长的冒险故事。
C.E.70年2月，地球联合军与ZAFT之间的武装冲突由于“染血的情人节”悲剧而全面升级为地球圈规模的战争。C.E.71年6月，在“非我即敌”的观念驱使下，地球联合军悍然发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。当战斗进行到最激烈的时候，少年真飞鸟失去了父母和妹妹。唯一的遗物就只有妹妹掉落的手机。获救之后，背负着家仇的真黯然离开了故土奥布前往PLANT。两年后，他成为了ZAFT的战士......
原島拓也、時村和樹和須賀沼大三名少年机缘巧合地获得了神奇的宝石パワーストーン，并唤醒了勇者机器人ドラン。而ワルザック共和帝国的第一王子ワルター则为了自己的野心而对三人发动了攻击，于是少年们的战斗就这么开始了。
正邪不能两立，光明与黑暗永远敌对。远古时期，正义的魔弹战士们为了世界的和平，早已开始和邪恶的魔物对抗，在双方实力平分秋色之下，魔弹战士失去了能量，而魔物的大魔王幽缘魔魂则化成原始的卵。那个邪恶的卵经过了几个世纪仍旧孕酿着复仇的杀机，新一代的魔弹战士将继承先人的遗志，继续为人类的和平奋斗。
多年以来，人类和机器人都和平共处，生活在高科技的硅谷市。然而，总有那么一些人想要打破这种和谐的局面。不相信机器人和人类可以共存的破坏分子在硅谷市兴风作浪，肆意破坏。幸运的是，硅谷市有位守护者：阿奇·莱特，一个看似普通，开朗乐观的机器人男孩，但他有个秘密：他可以随时变身为洛克人，拥有超级英雄的能力。在对抗各个邪恶机器人，维护硅谷市和平的道路上，精彩的冒险等着洛克人。他还有家人和他并肩作战：他的创造者兼父亲，莱特博士；姐姐苏纳；机器人小狗莱西。阿奇需要学会平衡他的机器人日常生活以及超级英雄生活。好了，是时候变身了！
鲁路修本是帝国的王子，在母后遇害后，和失明的妹妹一起被流放到11区（原日本国）作为人质。在那里他们结识了日本王子朱雀，三人共同度过一段美好的童年时光。帝国最终全面攻陷了11区，鲁路修和妹妹的安宁生活再次被剥夺，朱雀和他们也分散了。 鲁路修和妹妹隐瞒身份，过着看似平凡的学生生活。然而鲁路修心中对于帝国的仇恨却未停止。他希望摧毁帝国，为妹妹营造一个可以快乐生活的世界。这一切随着神秘少女C.C的出现变得不再遥不可及。 此时朱雀也再次出现在他们的生活中，然而残酷的现实让童年的挚友难以重温童年往事。这里没有正义和邪恶，黑暗与光明，有的仅仅是艰难的抉择和难以预料的明天。
